肛门脓肿是一种比较常见的疾病，多数是因为肛腺感染以后沿着直肠肛管向周围蔓延。肛周脓肿的治疗原则主要是行手术治疗，如果在早期仅有红肿，但是还没有其他症状，疼痛不是特别重，也可以采取非手术治疗，可以口服中药，比如仙方活命饮，可以起到清热解毒、消肿止痛的作用。
有时也可以口服透脓散，可以起到排脓托毒的作用，一般多用于脓肿的早期，可以减轻疼痛，使脓肿可以有效的排出。肛门脓肿一旦形成脓，应当尽早的切开引流，引流一定要通畅，不留死角。
治疗肛门脓肿第一步行脓肿切开引流术，将里面的脓液全部切开引流，然后将里边坏死的组织全部清除掉，再试探性的寻找内口，比如肛腺感染的内口。如果能够发现可靠的内口，应争取一次性手术处理，防止形成肛瘘再次手术。