肛门脓肿多数是因为肛窦感染以后，肛腺沿直肠肛管向皮肤以及坐骨直肠窝蔓延，形成肛门直肠周围脓肿。肛门脓肿如果在早期，比如急性期，也就是炎症的初期，还没有形成脓液，我们可以注意饮食，口服抗菌药物，比如头孢类抗菌药物以及抗厌氧菌药物，比如甲硝唑或替硝唑等；
还可以进行温盐水坐浴或1:5000高锰酸钾坐浴，促进局部脓液消除；还可以进行红光照射治疗，红光照射治疗可以有效地清除厌氧菌以及其他细菌感染。
如果肛周脓肿一旦形成脓液，波动感比较明确，应当行肛周彩超，及时地行脓肿引流术。