门静脉和肝静脉是两个不同的静脉系统。门静脉的主干是由肠系膜上静脉、肠系膜下静脉以及脾静脉汇合而成。门静脉左右两干分别进入左右半肝，然后逐渐分支，其小分支和肝动脉小分支的血流会合于肝小叶内的肝血窦，然后汇入肝小叶的中央静脉，再汇入小叶下静脉，最终经肝中静脉、肝左静脉和肝右静脉汇入下腔静脉。
其中门静脉越靠近第一肝门，其管径也就越粗。而肝静脉越靠近第二肝门，其管径也就越粗。由于解剖上的关系，当肝静脉出现阻塞时，门静脉会出现直径增宽，临床上也会造成门静脉高压症，这也就是常见的布加氏综合征，属于肝后型门静脉高压症。