室间隔缺损是胎儿时期心脏发育缺陷形成的。人的心脏大血管发育，是在母体内胎龄42天内完成的。在此期间，若母亲遭受感染或服用某些药物，有可能影响胎儿心脏血管发育，导致心脏某一部分结构发育不全或缺陷。如果母亲在妊娠3个月内患严重病毒性感染时，特别是患风疹、腮腺炎、流行性感冒以及柯萨奇病毒感染后，出生的新生儿患先天性心脏病的发病率比较高。母亲的营养或维生素缺乏，也会影响胎儿的心脏发育。如果母亲在妊娠期间接触大量的X射线或使用某些药物、患慢性疾病、缺氧、母亲高龄妊娠、流产保胎和多胎等，都有可能引起孩子室间隔缺损。