直肠息肉的治疗一般是非手术治疗和手术治疗，应用非手术治疗，比如药物治疗，只能使息肉数量减少或者减小，而不能治愈。所以一旦发生发现直肠息肉，应当行摘除术。比如增生性、错构瘤性和淋巴性的息肉，多发但很少有恶变倾向，在内镜下摘除即可。
如果是广基绒毛状腺瘤，癌变率比较高，一旦发生，应当及时地行手术切除。如果息肉带蒂直径在2cm以下，可以在内镜下切除。
如果直径大于2cm，应当经肛门行直肠息肉切除术。直肠息肉一般不会治愈，发现就应当行手术切除，然后及时送检病理，待病理的结果再决定下一步治疗方式。