艾灸的穴位有很多，在临床中使用艾灸的穴位，主要有以下两个方面：
第一、防病保健穴，此类穴位如足三里穴、命门穴、关元穴、气海穴，这些穴位平时施灸有延年益寿、防病保健的作用，此类穴位统称为防病保健穴。
第二、能治疗相应疾病的穴位，在临床中如中气不足，阳气下陷所引起的遗尿、崩漏、脱肛等，可以艾灸百会穴，艾灸百会穴能够提升人体阳气。
慢性消化性溃疡所引起的胃痛，可以艾灸中脘穴，艾灸中脘穴能够起到很好的温胃止痛的作用。某些孕妇胎位不正，可以选择艾灸大敦穴，有纠正胎位的作用。在临床中有些患者容易感冒、咳嗽，可以选择隔姜灸进行治疗。总之，艾灸的穴位有很多，应该根据病人的具体病情，而选用不同的穴位。