肥厚型梗阻性心肌病是引起青少年猝死的重要疾病之一，所以，一旦明确诊断应该积极治疗。肥厚型梗阻性心肌病的治疗，可以分为手术治疗和非手术治疗。非手术治疗主要是改善症状、减少猝死的发生，其主要方法有：应用β受体阻断剂，倍他乐克等减轻左心室流出道梗阻，后期出现心力衰竭、心肌收缩力减低的情况下，可以应用利尿剂螺内酯和地高辛改善心功能，房颤发作时应用抗凝治疗，可以防止血栓形成。此外，尚有室间隔消融术，造成部分室间隔缺血坏死，从而减少左心室梗阻的症状。如果非手术效果不好、药物治疗效果不好或者有心功能不全，左心室流出道压力阶差达到50mmHg以上，应该优先考虑行手术治疗，切除肥厚梗阻的室间隔，解除左心室梗阻效果较好。