儿童先天性心脏病有一部分原因是因为遗传造成的，是遗传物质的变异，比如合并21三体综合征，这种小孩儿会有30%-50%的几率合并有先心病，或者其他染色体的异常也会引起先天性心脏病。但是遗传因素在它发病机制中占的比例并不是很大，还有另外的原因主要在孕妇孕期的第5-12周的时候正好是心脏形成的阶段，如果这个期间接触了外界环境的刺激因素，比如孕妇患有病毒感染，简单的上呼吸道感染或者风疹病毒，甚至是其他的一些病毒，也会造成心脏发育的畸形；接触了射线或者接触药物中毒都可以出现心脏的发育畸形。