先天性心脏病手术方式的不同，决定麻醉方式的不同，对于可以微创行介入治疗的先天性心脏病，比如房缺或者室缺植入封堵伞，这样的患者可以仅仅在术区用局部麻醉，而不用其他的麻醉方法，儿童可以采取全麻的麻醉方式。对于先天性心脏病外科手术，因为大多数的先天性心脏病手术都需要停心跳，体外转流，这需要很深度的全身性麻醉。这种麻醉可以让患者达到深度睡眠状态，对手术的不适感或者疼痛感消失。在手术结束之后，往往要持续保持麻醉状态，因为这个时候患者需要上呼吸机。使用轻中度的镇静，让患者避免呼吸机抵抗，随着呼吸机的脱离，可以中止麻醉。