先天性心脏病最主要的原因，是由于孕早期的时候，孕妇接触了一些环境的因素导致的，最常见的是病毒感染。病毒感染包括普通的呼吸道病毒、风疹病毒或者是其他的，比如巨细胞病毒感染，都可以导致先天心脏病。因为在怀孕的头五个月之内，是心脏形成的关键时期。如果此期间受到病毒感染，容易造成心脏发育的畸形。另外，在孕期有一些药物容易导致心脏畸形，或者是药物中毒也可以引起心脏发育的问题。还有在孕早期的射线暴露，也会导致心脏发育的畸形。以上是先天性心脏病的最主要病因，都是跟孕期的外界环境刺激有关。还有一些先天性心脏病比较少见的原因是跟遗传有关，是基因的变异或者是基因的异常，导致的先天心脏病，它往往除了先心病以外，还合并有其他系统疾病，比如21三体综合征，病人还会有智力低下，少数病人会合并有白血病等等，还有其他的一些综合征，因为基因导致的也会合并有先天性心脏病。