房间隔封堵术虽然是相对比较成熟的手术，但也有发生并发症的可能。比较严重的并发症有以下几种：第一种是封堵器脱落，在封堵器植入过程中，封堵器离开了传输钢丝发生脱落，这时候很可能需要外科来取封堵器，这是比较严重的并发症。第二种是心脏压塞，因为很多患者在操作时由于操作不当，或者是钢丝穿孔会引起心房破裂，然后血到达心包引起心脏压塞，有些人可能也需要外科进行处理。如果封堵伞选择比较大，而且封堵伞压迫了房室传导系统，可能会出现房室传导阻滞，一部分患者可以因此安装起搏器。另外，也可以出现冠状动脉气栓、瓣膜关闭不全、房性心律失常等并发症，这些并发症都是房间隔封堵的严重并发症，需要注意。还有一些患者房间隔封堵，封堵伞置入之后内皮化不全，容易反复的长血栓，这也是一个封堵器迟发的并发症。