肝静脉和门静脉还是具有比较明显的区别。门静脉主要是经第一肝门进入肝脏，接纳了来自于肠系膜上静脉、肠系膜下静脉和脾静脉的血液，是入肝血流的主要组成部分，携带了氧气和大量的营养物质。
门静脉进入肝脏以后，随着Glisson逐渐分支进入肝血窦内。而肝血窦内的血液最终会经过肝小叶的中央静脉、小叶下静脉，最终经肝中静脉、肝右静脉、肝左静脉汇合为肝静脉，注入肝后下腔静脉，经第二肝门出肝，是肝脏血液出肝的主要途径。
不过虽然门静脉系统和肝静脉系统是两个相对独立的系统，但是如果肝静脉出现阻塞性病变，比如说血栓或者是狭窄，是可以导致门静脉高压形成。不仅会导致门静脉、脾静脉直径增宽，还会引起一系列的临床症状，造成食管胃底静脉曲张和脾功能亢进等。