目前市面上接种的手足口病疫苗，主要是针对EV71病毒。EV71病毒疫苗，目前建议在6个月到五岁的婴幼儿之间接种比较好，最佳的接种时机建议是在6个半月，常规接种2个剂次，中间间隔约为1个月。
但是接种EV71病毒疫苗，如果曾经注射过人免疫球蛋白，应该至少间隔开1个月，暂时不推荐EV71病毒疫苗与其它的疫苗同时接种。EV71病毒疫苗如果与其他疫苗接种，间隔至少应该达到两周以上，最好是可以达到1个月。EV71病毒疫苗一般保护周期可以达到2-3年。五岁以上的宝宝因为不是高危人群，目前可以不推荐接种。