戴呼吸机睡觉最大的副作用有两个，具体如下：第一、舒适感下降，有些患者刚戴呼吸机睡眠的时候可能会觉得不舒适。第二、口鼻面罩无创机械通气可能会影响咳嗽、排痰。
但是权衡需要呼吸机支持，需要呼吸机睡觉的患者，通常有不同程度的睡眠呼吸暂停，尤其是中枢型的睡眠呼吸暂停可以导致猝死，周围型(阻塞性)睡眠呼吸暂停也可以由于低通气、缺氧，导致不同程度的脏器功能损害。权衡利弊带呼吸机睡觉的副作用和带呼吸机的治疗作用相比，带呼吸机避免猝死、致命性的低氧血症，还有避免可能会导致高血压、糖尿病的缺氧，带呼吸机的不舒适感包括咳嗽、排痰困难，就显得无足轻重了。