海绵窦血栓性静脉炎，应该在发现的最早时间内进行抗凝治疗，如病人没有抗凝治疗的禁忌症，可以使用肝素或低分子肝素进行治疗。一般来讲早期、足量、足疗程的抗凝治疗，可以使大部分血栓复通，而使头部静脉回流通畅，避免远期并发症及后遗症的发生。
如果在抗凝的过程中出现脑水肿、颅压增高，可以使用甘露醇或高张盐进行降颅压的治疗。如果出现身体其他的神经症状，或可能即将引起脑疝，甚至死亡时，应进行外科手术去骨瓣减压，以避免发生脑疝致死。根据目前的临床数据显示，只有少部分人会在发生血栓后死亡，而大部分病人预后较好。