虽然磁共振和CT都属于影像学诊断技术，但是二者成像原理是不同的，存在着本质的区别。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。
而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。虽然现在的CT技术，已经将电离辐射的剂量控制在安全范围之内，但是如果人体多次或者长时间的做CT，是有一定的辐射损害的。