十二指肠溃疡的最主要临床表现为慢性、周期性、节律性的上腹部疼痛。疼痛可以是钝痛、灼痛、胀痛或者是剧痛，也有表现为仅在饥饿的时候隐痛不适者，典型的疼痛表现为剑突下轻度或中度的疼痛，剑突下指的就是心窝部，可被制酸剂或进食缓解。临床上约有2/3的疼痛呈节律性，早餐后1到3小时开始出现上腹部疼痛，如不服药或进食，则需要持续到午后才能够缓解，食后2到4小时又疼痛，进餐后可缓解，约半数患者有夜间痛，患者常可痛醒，如不系统治疗，每年冬春季节均可发病。