反流性食管炎发病的病理生理基础是食管和胃的动力障碍，包括食管体部的运动功能，食管括约肌功能及胃运动功能障碍。引起这些功能障碍的原因除了解剖结构的异常，如食管裂孔疝外，某些疾病如糖尿病，药物如平滑肌松弛剂和食物如高脂饮食、巧克力、咖啡等都可以导致食管括约肌功能的障碍，引起反流。