肥厚型心肌病可以导致猝死，所以，一经诊断就应该积极治疗。药物治疗是基础，药物治疗可以减少猝死的发生，减轻左心室梗阻的症状，同时，可以延缓心力衰竭、房颤等发生。当患者出现房颤时，可能会对心功能产生一定的影响。另外，发生房颤时，有可能导致心室率过快，从而产生室上性心动过速和室性心动过速等恶性心律失常，严重者可能威胁生命。持续性房颤可能会形成血栓，可能会导致血栓并发症，所以，出现房颤时应积极治疗。肥厚性心肌病出现房颤时，应用胺碘酮可以减少阵发性房颤的发作。对于持续性房颤可以应用β受体阻断剂控制心率，减少室上性心动过速和室性心动过速的发作。由于房颤可能会导致血栓形成，所以，需要用华法林等抗凝药物，减少血栓并发症。