药物治疗是肥厚型心肌病的基础治疗，治疗肥厚型心肌病的药物主要有三个方面：一、针对流出道梗阻的药物，β受体阻断剂是肥厚型心肌病的一线药物，代表药物有倍他乐克等，可以减少恶性心律失常的发生，减少猝死的发生率。二、针对疾病后期改善心功能的药物，肥厚型心肌病后期出现心功能不全时，可以应用倍他乐克等β受体阻断剂、利尿剂螺内酯、强心甙类药物地高辛等。三、针对房颤的药物，应用胺碘酮可以减少房颤的发生，应用倍他乐克可以控制心室率，应用华法林减少血栓的形成，减少血栓形成并发症。