肥厚型心肌病本身这个病病因不是很明确，一般多认为与儿茶酚胺代谢异常、细胞内钙调节异常，或者是常长年的高血压、高强度运动等，均可以作为本病发病的促进因子。另外，很大部分的病因，认为有明显的家族遗传史，目前被认为是常染色体显性遗传疾病，或者是肌节收缩蛋白基因的异常，比如心脏肌球蛋白重链，以及心脏肌钙蛋白T基因突变等，都是导致这个病的致病因素。该病的遗传主要是父母遗传给子女，很少见于隔代遗传，而父母遗传给子女就是最主要的遗传因素，不会通过其他接触来传播，也不算是一个传染病。