由于肥厚型心肌病可以出现猝死，一经诊断即应该积极治疗。药物治疗是基础，常用的药物治疗主要有针对减轻左心室流出道梗阻的药物β受体阻断剂。晚期可以出现心力衰竭，需要应用针对心力衰竭的药物，但是在肥厚型心肌病的患者中，特别是伴有梗阻的肥厚型心肌病患者中，可能会出现活动后胸闷不适等情况。这种情况和冠心病所致的活动后胸闷不适的症状很类似，但是在肥厚型梗阻性心肌病的患者中，应用硝酸酯类药物比如消心痛时，可能会加重流出道的梗阻，可能会导致患者猝死，所以在肥厚型梗阻性心肌病的患者中禁用硝酸酯类药物。总之，在肥厚型梗阻性心肌病的患者中，必须禁用消炎痛、欣康等硝酸酯类药物。