肥厚型心肌病的预后差别很大，一部分患者可能会出现运动性猝死，少部分出现心衰、房颤和栓塞，还有少部分患者症状轻微，预期寿命可以接近正常人。肥厚性心肌病一经诊断，即应治疗，应用β受体阻断剂，可以延缓左心室梗阻的症状，控制心室率，减少不良事件的发生，可以延缓心力衰竭的发生。但是，随着疾病的进展，患者对药物的反应性会越来越差，出现用药效果欠佳的情况。在这种情况下，肥厚性心肌病后期可能会出现左心室腔扩大、心功能受损、左心收缩功能减低等慢性心功能不全的情况。总之，肥厚性心肌病的晚期，会出现心力衰竭的情况。出现心力衰竭以后，应该按照一般的心力衰竭进行治疗，如应用强心利尿药螺内酯、地高辛进行治疗，防止进展为终末期心力衰竭。