目前对于子宫内膜异位症的发病原因并没有非常明确的理论支持。有几种学说，一种叫经血逆流学说，就是来月经的时候子宫内膜本来要剥脱了，经血要经过阴道流到体外，有些患者有可能就是这些经血带着子宫内膜流到了盆腔里面，这些内膜就会种植在盆腔里，造成了子宫内膜异位症。
几乎所有人都会有经血逆流，但不是每个人都会得子宫内膜异位症，所以这跟个人的体质也是有一定的关系的，就是异位的这些内膜它会不会长在体内，跟它病人本身是不是容易得子宫内膜异位症是有一定关系的。所以还有子宫内膜种植学说、自身免疫学说等等。