由于胆道系统贯穿肝脏，连接肝脏及胰腺还有十二指肠，因此根据胆管癌发生的位置不同，其手术的切除范围也有不同。肝内胆管癌不伴远处侵犯的时候，可以行肝切除术。肝门部胆管癌未侵及胰腺及十二指肠段时，可行肝门部胆管癌切除，可以切除部分肝内组织。如果胆管癌累及到胰腺段及十二指肠时，可考虑行胰十二指肠切除。手术切除胆管癌后，根据其对胆道及消化道的影响，进行重建手术，包括胆肠吻合、消化道的Roux-en-Y吻合，如果行胰十二指肠切除，还包括消化道及胰腺的重建。