生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒治疗，抗病毒治疗。以口服药为主，包括阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦等，少数情况下可以输液进行抗病毒治疗，在症状不明显的时候也可以用外用的药膏进行治疗，但是外用的药膏只是起辅助的作用，所以通常生殖器疱疹不是单纯用药膏进行治疗的。如果要用药膏治疗，可以选择干扰素和阿昔洛韦、喷昔洛韦这类的抗病毒的药膏。具体用药请结合临床，由医生的面诊指导为准。