卵巢囊肿因人而异，有些没有临床表现，通过超声检查或者体检时发现。而有些有临床表现，有痛经、性交痛、不孕等病史，妇检的时候发现与子宫紧密粘连，活动受限，并且有压痛，多数是卵巢的子宫内膜异位囊肿。
出现在怀孕早期，单侧发生可活动性囊性包块多为黄体囊肿，在妊娠中后期有些就自然消失。葡萄胎并发一侧或者双侧的黄素囊肿，在葡萄胎清除后，囊肿也会自然消失，多数没有临床表现。而卵巢赘生性囊肿，有表面光滑的，多为良性肿瘤。表面不光滑、活动受限的，多为恶性肿瘤。需要手术才能明确病因，临床表现也不太典型。