慢性痢疾病因比较复杂，治疗也相当复杂，要远远难于急性痢疾。慢性痢疾的治疗要根据病原学来选择有效的抗菌药物，也就是要通过大便培养出致病菌，然后根据药敏来选择两种以上的药物进行治疗，疗程也要长于急性痢疾，甚至要多个疗程。除局部治疗以外，还可保留灌肠治疗，可选择中药的黄连素、大蒜肠溶液等药物进行灌肠治疗，另外还可适当加一些肾上腺皮质激素。慢性痢疾的成因相当复杂，主要与自身免疫力的下降有关，因此，对患者本身的基础病也要进行治疗，如糖尿病患者应注意生活要规律，进食宜消化、易吸收的食物，不要吃生冷油腻或刺激性的食物等等，同时可用一些微生态制剂，调整肠道的菌群，恢复肠道正常菌群并采取对症处理。总之，慢性痢疾的治疗一定要有耐心、规律且疗程要足。