吴茱萸性味辛苦而热，这个药有小毒，归肝、脾、胃经和肾经。吴茱萸有散寒止痛、降逆止呕、助阳止泻的作用，吴茱萸是个热药，可以温通经脉。吴茱萸善治厥阴头痛，入肝经，所以治疗巅顶痛。它也治疗寒疝导致的腹痛，以及寒湿之邪侵袭下肢出现的下肢的浮肿。
还可以治疗行经的腹痛，就是痛经。吴茱萸也入脾、胃经，可以治疗胃疼，可以治疗腹胀中由于寒邪内滞导致的症状。吴茱萸可以治疗呕吐和反酸，吴茱萸也可以治疗肾虚出现的五更泄。吴茱萸外用贴足心，可以引热下行治疗口疮，吴茱萸还有降压的作用。