反复发作的扁桃体结石，很有可能会使扁桃体存在慢性炎症，因为扁桃体内部存有6-20个隐窝。发生扁桃体炎时，隐窝内会有脓栓，而这些脓栓是由体内的白细胞以及脓液交织而成。当处于扁桃体间歇期时，脓栓可以随着吞咽动作的挤压逐渐排出，从而出现白色的粒状物，并伴随有臭味。如果脓栓咽下，也可以刺激胃肠道，从而引起全身反应，如消化不良、头痛、乏力、低热等。所以最长远以及根治的方法是做扁桃体的切除术，如果排斥手术的治疗方式，也可以加强漱口，如餐后、饭前、睡前刷牙，以及扁桃体局部按摩的方法，但是远期疗效不如手术切除。