肛门疼痛的原因很多：
第一个，有可能是肛裂，比如大便干结容易损伤肛管的皮肤，导致皮肤层裂伤，在擦拭大便时容易导致肛裂的创面损伤，从而导致肛门疼痛。
第二个，还有可能是肛周脓肿，比如肛腺感染，大便不顺畅或者大量饮酒以后容易导致肛腺感染，从而沿着直肠或者肛管蔓延，扩散到肛门周围形成肛门脓肿，一般会引起肛门疼痛，行直肠彩超、肛周彩超可以明确诊断。
第三个，肛门疼痛的原因还有可能是痔疮，混合痔如果脱出肛门外不能还纳，随着时间的进行会导致痔静脉淤积肿胀，然后瘀血，从而导致局部血栓形成，甚至坏死，可以在肛门周围见到色紫的肿物，触摸比较硬，比较痛。
所以肛门疼痛的原因很多，应当结合病史查体，必要时可以置入肛门镜来明确它的原因。