巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。建议在术后如果没有计划怀孕的情况下，可以用达菲林治疗3个月到半年的时间，主要是避免复发。另外，也可以宫内上曼月乐环，使子宫内膜萎缩，这样也可以达到避免巧克力囊肿复发的目的。对于计划怀孕的病人建议尽快怀孕，避免引起复发。