细菌性阴道炎和霉菌性阴道炎的主要区别，就是霉菌性阴道炎除了引起阴道的炎症之外，还会引起阴道黏膜的过敏性反应，这样导致外阴瘙痒很严重，并且有人会伴有尿频、尿急的症状。
而细菌性阴道病最主要的特点是：临床上会出现比较稀薄的白带，并且会伴有很大的鱼腥臭味，这是两者的主要区别。另外，霉菌性阴道炎分泌物的性状是豆腐渣样的，这是霉菌性阴道炎特有的分泌物特点。
另外，两者在治疗上也有所不同，霉菌性阴道炎可以用制霉菌素栓治疗；细菌性阴道炎需要用甲硝唑栓治疗。