在临床上消化道叶间来源的肿瘤，最常见的就是胃肠间质瘤，可以起源于胃肠道的任何部位，最常见的就是发生于胃和小肠，因此，小肠的间质瘤属于胃肠间质瘤的一种。胃肠间质瘤根据临床表现和生物学行为，可以表现为良性或者恶性。
对于小肠间质瘤的患者，根据术后肿瘤的大小，核分裂象的多少，以及是否发生了破裂，把小肠间质瘤分为中、高复发风险的患者。对于中、高复发风险的患者，推荐术后辅助治疗，辅助治疗常用的药物就是伊马替尼。对于中危复发风险的患者，伊马替尼治疗的时间至少是1年。
对于高危复发风险的患者，伊马替尼治疗时间至少是3年。如果伊马替尼治疗效果不佳，还可以应用苹果酸舒尼替尼或者瑞格菲尼等。因此，小肠间质瘤是介于良性和恶性之间的，并不都是绝症。