断肢再植后遗症主要是功能性的障碍，包括运动肌肉的障碍、神经支配的障碍以及骨关节的粘连。它主要表现在感觉不能完全恢复和运动肢神经支配的无法恢复，包括肌肉的萎缩、关节的僵硬等。