中耳炎导致鼓膜穿孔后会有大量的脓液流出，治疗的原则是控制感染以及促进中耳的通气引流，特别是对于急性中耳炎，只有脓液完全控制后，才有可能鼓膜穿孔愈合。
治疗时以局部用药为主，可以先清理外耳道，使用过氧化氢溶液的棉签擦拭或者吸引器吸尽脓液，然后局部使用水溶剂的抗生素滴耳液。最好能够结合耳道内的分泌物细菌培养，选择最敏感类的药物，不建议使用粉剂以及有明显颜色的滴耳液，非常影响病情的恢复。
如果伴随有明显的全身症状，比如发热、头痛等，最好是能够服用抗生素，以青霉素或头孢菌素类效果最佳。对于药物治疗效果欠佳的鼓膜穿孔，最好是能够选择手术治疗，一般是在内镜下行鼓膜修补手术，多数会在三个月后逐渐的恢复。