药流如果没有完全流干净，有可能引起腹痛、腹部坠胀感、阴道流血淋漓不尽或者生殖道感染等异常情况。药物流产由于没有宫腔内的操作，需要通过子宫的恢复，将宫腔内的蜕膜组织逐渐排出体外，如果流产后恢复不良或者没有及时使用促进子宫恢复的药物，有可能导致药流不净。
药流不净时，导致流血时间长，就会引起子宫颈口和阴道处于长期有血液稀释的地方，容易引起细菌感染，沿着宫颈上行感染至盆腔甚至全身。如果药流不净，应该及时到医院复查，药物治疗无效应该及时的清宫治疗。