因为细菌性阴道病是由于厌氧菌感染所引起，在临床上就要针对厌氧菌感染用药，可以用甲硝唑或者替硝唑治疗。
在临床上主要是应用甲硝唑栓塞入阴道，在塞入之前先用1：5000的高锰酸钾冲洗阴道，将阴道的分泌物冲洗干净之后，然后再将甲硝唑栓塞入阴道，效果会更好，建议口服甲硝唑片3-5天，可以达到根治细菌性阴道病目的。
在临床症状消失以后建议复查白带常规，如果已经转为阴性，可以停止用药，建议在阴道内塞入乳酸杆菌胶囊，主要是改变阴道内的菌群，提高乳酸杆菌的含量，使抵抗力增加，避免细菌性阴道病的复发。