碘-131治疗甲亢分为近期的副作用和远期副作用，近期的副作用可能会出现放射性甲状腺炎，另外在甲亢没有控制的患者，可能会引起甲亢危象的情况，有的时候会使甲状腺相关性的眼病加重，这些是在近期3-6个月之内发生的情况。如果是远期，很多用碘-131治疗甲亢的患者在远期会得甲减，会得甲亢相反的甲状腺功能减退症。
甲减这个疾病比甲亢要好，虽然说是终身服药，但是因为甲减对心脏、对其他器官系统的损伤不如甲亢严重，而且平时用药也比较简单，监测起来也没有甲亢复杂，所以甲减这个疾病比甲亢要轻些，容易治疗。