女性生殖器疱疹的治疗主要以局部用药为主，局部使用抗病毒的药膏，比如阿昔洛韦软膏、更昔洛韦软膏进行局部的涂抹，同时建议口服阿昔洛韦片或更昔洛韦片进行治疗，同时要保持外阴的卫生，每晚清洗外阴，勤更换内裤，保持外阴的清洁干燥。
如果在月经期间出现生殖器疱疹，建议勤更换卫生巾，减少对局部的刺激，有利于生殖器疱疹更好的恢复。生殖器疱疹主要是由于疱疹病毒感染引起的，具有很强的传染性，治疗期间是不能进行性生活及盆浴的，生殖器疱疹治疗期间，如果不注意个人卫生，进行性生活或者培育，容易合并细菌感染，加重生殖器疱疹的症状，延长生殖器疱疹的周期。