先天性肝囊肿大多数没有什么症状，绝大部分只是在体检的时候发现的，但是当囊肿直径超过五公分甚至说达到十公分以上的时候，可能会出现消化道压迫的症状，包括消化不良、食欲减退、恶心、腹痛这样一些症状。巨大的肝囊肿压迫胆总管或者肝管的时候，可能会导致黄疸。