首先在肛周脓肿初起的时候，可能患者感觉肛门周围有轻度的疼痛、坠胀、不舒服，有的人可以摸到一个硬结。这种情况下可以暂时观察，给予局部的热敷、外用消肿散结的中药，包括口服抗生素来观察，这个过程中有一少部分病人可以让硬结消散，疾病不再进展为肛周脓肿了。
对于已经成脓的患者，肛周疼痛可能会比较明显，出现持续的肛周的跳痛、灼痛，还有一部分病人炎症比较重，会出现发烧、大便排出的困难，有人会觉得肛门坠胀、排便不畅、排不净等等症状。已经成脓的患者我们一般来说要采用手术治疗，事实上大部分的肛周脓肿的患者，都需要接受手术治疗才能够治愈。
手术治疗的方法大概分为两类，
第一类叫一次性的根治手术，就是我们采用一次性的切开引流，切除感染的肛门腺的方法来治疗肛周脓肿，一般不需要接受第二次手术。
还有一些患者由于我们在手术中探查他的感染灶，引起感染的肛门腺不是很清楚，没有完全彻底的清除感染的肛门腺，所以会采用两次性手术的方式。就是第一次我们先把感染的脓腔切开，引出脓液之后患者疼痛的症状会明显缓解，然后我们再等待大概3—6个月的时间，等待肛瘘形成之后，整个感染区域包括感染的肛门腺就会显示的比较清楚，这时候我们再做第二次手术切除肛瘘就可以了。