磁共振仪器检查本身对人体没有任何伤害。但是在做磁共振检查时，特别是检查头部，需要病人头部进入一个比较狭小的检查舱内，检查舱空间比较狭窄而且还低矮，让人会有一种压迫和封闭的感觉，使人会感到一种莫名的压抑。
而且在检查过程中，磁共振仪器的噪音非常大，让人难以忍受，有一种非常烦躁的感觉，这种感觉不是疼痛，而是一种精神上的痛苦。但是磁共振检查是非常安全的，对身体并没有太大的实质性的影响。