正常阴道微生物群种类繁多，虽然多种微生物都存在，但是这些微生物与宿主阴道之间相互依赖、相互制约，达到动态的生态平衡，并不致病。在维持阴道微生态平衡的因素中，雌激素、局部pH、乳杆菌，以及阴道黏膜免疫系统，都起着重要的作用。雌激素可使阴道鳞状上皮增厚，并增加糖原的含量，后者可在乳杆菌的作用下转化为乳酸，维持阴道正常的酸性环境。
此外雌激素还能够维持阴道黏膜免疫功能，尤其是T细胞功能。阴道的酸性环境可以抑制其他病原体的生长，而有利于阴道乳杆菌的生长。阴道内乳杆菌占优势，如果其他的微生物菌占优势，就会导致疾病的发生。