慢性牙周脓肿可以在洁治的基础上直接进行牙周手术，可以做脓肿切除术或者翻瓣术。急性牙周脓肿通常情况下需要进行止痛，并且要排脓引流，在脓液未形成之前可以清除牙石，并且冲洗牙周袋，将碘甘油置入牙周袋内，给予抗生素预防感染，包括头孢或者红霉素类的药物。如果脓肿有波动感，可以在表面麻醉下切开脓肿，深达骶部以后使脓液充分引流，然后彻底的冲洗脓腔，再辅以防腐药物。切开引流以后，建议使用生理盐水或氯己定漱口液进行含漱，防止继发性的感染。另外，如果是由于牙齿纵折所产生的牙周脓肿，可以口服消炎药以后将患牙拔除，这样才能够防止再次发生脓肿。