大约80%-90%的乙肝小三阳没有发生免疫激活，也就是俗称的乙肝携带者，没有发病也就不需要治疗，绝大部分乙肝小三阳是不需要治疗的。如果化验检查发现肝功能异常，或者做B超发现肝脏异常，说明乙肝病毒对肝脏造成损伤，也就是俗称的发病，需要治疗的建议抗病毒治疗。
乙肝抗病毒治疗分为两大类治疗方案：
一、注射干扰素，长效干扰素每周注射一次，短效干扰素每两天注射一次，疗程两年。这个方案副作用明显，操作也比较麻烦，但是疗程固定，两年可以停药。
二、口服核苷类药物，目前主流的是恩替卡韦和替诺福韦两种，但是疗程不固定，需要长期服用。如果乙肝小三阳发现的时候比较晚，已经是乙肝肝硬化，就需要终生服用核苷类药物。