肝囊肿的治疗分两种，若肝囊肿比较小而无明显的症状，定期随访即可，手术指征要根据病情、囊肿情况，可以采取开窗术、引流切除肝移植等手术方法。如果囊肿较大者或伴有明显的症状者，主要行囊肿开窗手术治疗。对于并发感染、囊内出血、囊液有胆汁者，可以行开窗术后置引流管。若病情局限在一个肝叶，可以考虑作肝叶切除。如果是广泛的多个囊肿，可以考虑做肝移植。若年老体弱或重要脏器功能不全，不考虑手术。囊肿预后一般都比较好，但有严重的并发症预后会比较差。