胰腺炎病人继发感染主要是因为肠道细菌移位所致，常见的致病菌为大肠杆菌、绿脓杆菌和变形杆菌等等。目前国内相关的指南不主张早期应用抗菌药物预防感染，仅仅针对部分易感人群，比如有胆道梗阻、高龄、免疫力低下等等，可能发生肠源性细菌移位的病人主张应用抗菌药物，抗菌药物一般选择喹诺酮类、头孢菌素类、碳青霉烯类以及甲硝唑等预防感染。国外的相关指南指出，对胰腺坏死超过30%的患者应早期使用广谱抗菌药物，特别是有多器官功能衰竭和全身感染增长严重的患者应过早的使用，对于一些非胆源性胰腺炎，不推荐预防性应用抗菌药物。长期应用广谱抗菌药物以及病人的机体抵抗力下降，重症胰腺炎患者在后期可激发真菌感染导致病情的恶化。因此，在治疗后期重视真菌感染的防治，常用的药物有氟康唑和两性霉索B。