有些肝内胆管结石治疗起来较为简单，而有些肝内胆管结石治疗起来非常复杂，具体还需要根据结石的大小、部位、数目以及是否引起胆管狭窄和肝脏萎缩判断。对于靠近二级胆管或者结石分布较为局限，没有出现临床症状的肝内胆管结石，处理起来相对较为简单。而如果肝内胆管结石分布较为广泛，位于多个肝段或者反复发作造成胆管狭窄，甚至肝脏萎缩，处理起来非常困难。有时一次手术无法解决问题，还需要多次进行手术治疗或者单纯的取石治疗没有效果，需要将病变胆管和肝脏一并切除。还有一些患者因为肝内胆管结石，最终导致胆管细胞性肝癌的发生，即使进行治疗也会严重影响患者的生存期，5年生存率不超过30%。