早上起来肾疼可能的原因包括急性肾盂肾炎、肾结石、急性肾小球肾炎，同时也要排除局部肌肉损伤。急性肾盂肾炎是一种感染性疾病，主要是细菌感染到肾脏，在局部引起炎症就会引起肾疼，同时还会伴有发热、尿频、尿急、尿痛等一系列症状，而检查尿常规会显示尿白细胞是阳性。肾结石在临床上也比较常见，肾结石在下移过程中堵塞输尿管，引起肾积水或者牵拉输尿管，就会导致肾疼。急性肾小球肾炎引起的肾疼，主要是由于肾炎急性期肾脏体积增大，对肾脏包膜进行牵拉而导致的肾脏疼痛。上述疾病是比较常见的能够引起肾疼的疾病，但如果是肾区疼痛，也要排除非肾脏原因引起的，比如腰肌损伤。腰肌损伤以后也会引起这个部位疼痛，但是和肾关系不大。